Il Consiglio di Laboratorio, secondo quanto stabilito dall'art. 25 dello Statuto dell'INFN, è un organo consultivo che collabora con il Direttore per:
- l'elaborazione dei programmi di attività e dei relativi fabbisogno di spesa da sottoporre agli organi consultivi e deliberanti dell'Istituto;
- l'esame dei problemi connessi con il funzionamento del Laboratorio e l'attuazione in sede locale delle deliberazioni del Consiglio Direttivo;
- la ricognizione e il consuntivo annuale dell'attività svolta nell'ambito della propria struttura.
I componenti del Consiglio di Laboratorio sono:
- il Direttore, che lo presiede;
- i Coordinatori locali delle linee scientifiche;
- il Responsabile della Divisione Ricerca;
- il Responsabile della Divisione Tecnica;
- un Rappresentante eletto dai Ricercatori;
- un Rappresentante eletto dai Tecnologi;
- due Rappresentanti eletti da tecnici ed amministrativi;
- il Responsabile del Gruppo Collegato dell'Aquila.
Attualmente il Consiglio di Laboratorio dei LNGS è così composto:
| Carica | Nome | Scadenza |
| Direttore | Ezio Previtali | |
| Responsabile Divisione Ricerca | Carlo Bucci | |
| Responsabile Divisione Tecnica | Augusto Goretti | |
| Rappresentante Gruppo Collegato l'Aquila | Roberto Aloisio | |
| Rappresentante Personale Tecnologo | Sandra Parlati |
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| Rappresentante Personale Ricercatore | Paolo Gorla | |
| Rappresentante Personale Tecnico Amministrativo | Margherita Pezzini | |
| Rappresentante Personale Tecnico Amministrativo | Gianni Alessandri | |
| Coordinatore locale Gruppo II | Marcello Messina | |
| Coordinatore locale Gruppo IV | Francesco Villante | |
| Coordinatore locale Gruppo V | Libero Palladino | |
| Coordinatore tecnico dell'infrastruttura per la ricerca |